肝素的主要不良反應是易引起自發性出血，表現為各種黏膜出血、關節腔積血和傷口出血等，而肝素誘導的血小板減少症是一種藥物誘導的血小板減少症，是肝素治療中的一種嚴重併發症。藥物所致的血小板減少症主要分為兩型 :
（1）骨髓被藥物毒性作用抑制所致;
（2）藥物通過免疫機制破壞血小板所致。後者中以肝素、奎寧、奎尼丁、金鹽與磺胺類藥物發病較高。臨床症狀極不一致，血小板減少至（1.0～80）×109/L，輕者無症狀，重者可因顱內出血或因肝素導致內皮細胞的免疫損害，合併危及生命的肺栓塞與動脈血栓形成致死。診斷主要依靠:
（1）藥物治療期間血小板減少;
（2）停藥後血小板減少消除。嚴重患者血清中可檢出藥物依賴性血小板抗體，但敏感性不高而常呈假陰性。治療的關鍵是:立即停用相關藥物，嚴重病例可使用輸注血小板、激素、丙球甚或血漿置換。肝素不宜用於溶血尿毒綜合徵。溶血尿毒綜合徵（HUS）是小兒急性腎功能衰竭常見病因之一。兒童期典型腹瀉後HUS90%由出血性大腸桿菌O157:H7引起。目前認為 HUS發病的中心環節是內毒素啟動內皮細胞受損，繼而出現凝血系統激活，炎症介質釋放，內皮素-一氧化氮軸紊亂等多環節參與發病。全身各器官均有不同程度受累，主要是腎臟，其次是腦。治療上強調支持療法和早期透析，典型HUS的治療不提倡應用肝素、抗生素和激素。不典型HUS可適用血漿置換，有一定療效。
應對措施：輕度過量時，停藥即可；重度過量時，除停藥外，還需注射肝素特效解毒劑——魚精蛋白
偶見過敏反應。長期應用可致脫髮、骨質疏鬆和自發骨折
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