1.甲巰咪唑（他巴唑）、丙硫氧嘧嘧啶等與肝素有協同作用。
2.肝素與香豆素及其衍生物合用，可導致嚴重的凝血因子Ⅸ缺乏而致出血。
3.肝素與阿司匹林及非甾體類消炎鎮痛藥（包括甲芬那酸、水楊酸等）合用，能抑制血小板功能，及誘發胃腸道潰瘍出血。
4.肝素與雙嘧達莫、右旋糖酐等合用，可抑制血小板功能。
5.肝素與腎上腺皮質激素、促腎上腺皮質激素等合用，易誘發胃腸道潰瘍出血。
6.其他如依他尼酸、組織纖溶酶原激活物（t-PA）、尿激酶、鏈激酶等藥物與肝素合用，有加重出血的危險。
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